一、48道基因合成儀設備相關誤差：
1. 加樣系統誤差
移液精度波動：
不同通道的移液泵或閥可能存在差異，導致加樣量不一致（如堿基單體分配不均）。
長期使用后，移液部件磨損或堵塞，造成體積偏差。
交叉污染：
通道之間密封性不足，導致液體殘留或揮發物擴散，引起堿基或酶污染。
2. 溫度控制誤差
反應體系溫差：
48通道加熱模塊的溫度均勻性不足，部分孔位溫度偏高或偏低，影響延伸效率。
升溫/降溫速率不一致，導致PCR或連接反應不同步。
熱蓋壓力不均：
熱蓋與反應板接觸不緊密，部分孔蒸發嚴重，改變反應體系體積。
3. 檢測系統誤差
熒光/吸光度檢測偏差：
不同通道的光學檢測器靈敏度差異，導致對合成效率的判斷失誤。
背景噪聲干擾（如熒光淬滅或散射），影響實時監測準確性。
4. 機械故障
磁珠分離或振蕩混勻不均：
磁力模塊磁場強度差異，導致磁珠回收效率不同，影響洗滌或純化效果。
振蕩頻率或時間不一致，導致反應混合不充分。
二、48道基因合成儀的操作與流程誤差：
1. 程序設置錯誤
參數輸入偏差：
合成周期（如延伸時間、變性溫度）設置不當，導致片段長度或錯配率升高。
未根據模板類型（如GC含量高、二級結構）調整參數。
自動化腳本漏洞：
多步驟程序（如切割、連接、純化）銜接不當，導致反應中斷或過度處理。
2. 樣本加載問題
加樣順序或位置錯誤：
人工加樣時未按規范操作（如未更換槍頭），引入外源DNA污染。
不同通道的起始物料量差異（如引物濃度不同），導致合成效率不均。
3. 純化與回收效率低
磁珠或硅膠膜純化損失：
純化過程中小片段DNA（如短寡核苷酸）吸附損失，降低產量。
洗滌不徹*，殘留鹽或雜質抑制后續反應。
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