基因合成是指在體外人工合成雙鏈DNA分子的技術。基因合成是用人工方法合成基因的技術，是基因獲取的手段之一，相對于從已有生物中獲取基因來說，且合成無需模板，因而不受基因來源限制。
基因合成的方法主要采用固相亞磷酰胺三酯法，運用此方法的DNA合成儀有很多，常用的有Dr.Oligo 48/96/192/384基因合成儀，可以按照自己的方式配置儀器，最多可配置42種試劑瓶位(4個單體，6個標準合成試劑和32個特殊單體)。
基因合成采用基因合成儀的優勢
1、可以保證基因序列的*正確性，無突變；
2、合成周期短；
3、不受模板來源限制；
4、根據不同應用，設計優化基因序列，提高表達水平；
基因合成方法
為了在基因合成前使基因在不同的生物表達系統中良好表達，研究者通常對基因進行密碼子優化。 雖然遺傳密碼有64種，但大部分生物傾向于利用這些密碼子的一部分，常用的叫做最佳密碼子，不常用的叫做稀有或利用率低的密碼子。
實際用于蛋白質表達或生產的生物(包括大腸桿菌、酵母、哺乳動物細胞、植物細胞、昆蟲細胞)均表現出一定程度的密碼子偏好性，因此重組蛋白質的表達可能受到密碼子利用的影響(尤其是在異源表達系統中)。
在不改變其編碼蛋白的情況下，修飾一個蛋白的編碼基因，去除稀有密碼子，合理優化其mRNA二級結構、GC含量等過程稱為密碼子優化。 密碼子優化原理是根據所用表達系統的密碼子偏好性，對目標蛋白質序列中的每個氨基酸選擇不同的密碼子進行全序列組合，找出其中較好的。
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